Flowr.root — генерация 3D-лигандов и прогноз аффинности
Flowr.root — исследовательский репозиторий, представляющий модель для совместной генерации 3D-лигандов с учётом структуры и предсказания аффинности связывания. Проект предназначен для специалистов в области химии и биоинформатики, которым требуется инструмент для создания новых молекулярных структур и оценки их взаимодействия с белками.
Возможности и состав проекта
Проект позволяет генерировать молекулы на основе файлов PDB/CIF (для белков) или SDF (только для лигандов), а также предсказывать аффинность связывания. Поддерживается условная генерация, включая замену фрагментов, наращивание фрагментов, наращивание ядра, скаффолд-хоппинг и элаборацию скаффолда. Для удобства предусмотрен веб-интерфейс FLOWR.ui, который позволяет выполнять эти операции через браузер.
Начало работы и требования
Для работы Flowr.root рекомендуется использовать GPU, совместимый с CUDA, с объёмом видеопамяти не менее 40 ГБ для инференса. Проект находится в стадии исследования, и совместная модель генерации и предсказания аффинности не полностью конвергирована. Для точной работы с внераспределёнными данными рекомендуется использовать адаптацию LoRA. Доступны контрольные точки для различных моделей, включая модель только для генерации.
Ограничения и выбор сценария
Авторы предупреждают, что совместная модель ещё не полностью сошлась; на данных вне обучающего распределения возможны геометрические столкновения. Результат генерации и прогноз аффинности являются вычислительными гипотезами, которые требуют независимой химической проверки. Варианты checkpoint отличаются назначением, а рекомендация LoRA не гарантирует качество на произвольной мишени; для инференса нужен значительный запас GPU-памяти.
Лицензия и условия использования
GitHub определяет лицензию репозитория как MIT. Перед использованием и распространением проверьте полный текст LICENSE и отдельные условия зависимостей, данных или моделей: лицензия репозитория не заменяет их лицензии.
